黑头蜡嘴雀5-6月繁殖，巢一般筑于松树上，有时也在落叶乔木上，均离地面甚高。巢构造粗糙，凹形，由细枝、树皮纤维和树叶编成。
外径140毫米、内径90毫米、深40毫米。每窝产卵3-4枚，呈灰绿青色，具褐和黑褐色斑和细纹;卵的大小(3枚)为24-27毫米×18-19.5毫米。
孵卵由雌鸟承担，孵化期13-15天，雏鸟晚成性，雌雄亲鸟共同育雏，留巢期14-15天。
