蒙古百灵鸟的繁殖期为5-7月,雄鸟求偶时在空中鸣唱或在高空拍动翅膀。营巢在土坎、草丛根部地上,巢呈浅杯形,用杂草构成,置于地面稍凹处或草丛间,其上有垂草掩蔽。卵白色或近黄,表面光滑而具褐色细斑,大小约为23×18毫米。
两性轮流孵化11-12天雏鸟破壳而出。刚出壳的雏鸟赤身裸体,只在一些部位长有绒羽,7天后才睁开双眼。这期间由双亲共同哺育,主要是喂食昆虫的幼虫。幼鸟在8天以后离巢,并且在14或15天以后飞行。